27 lat spędzonych w Lipsku było bardzo pracowitym okresem dla Bacha – pozycja Kantora w szkole św. Tomasza obejmowała wiele obowiązków, jednak aby utrzymać rodzinę, podjął się jeszcze innych, dodatkowych zadań.
Jednym z powodów, dla których Bach aplikował na stanowisko Kantora (Dyrektora Muzycznego) było przekonanie, że szkoła św. Tomasza zapewni dobrą edukację jego synom. Pierwsza żona, Maria Barbara, urodziła mu siedmioro dzieci, druga, Anna Magdalena trzynaścioro. Jego najstarszy syn, Wilhelm Friedemann, miał 12 lat, a drugi syn Carl Philipp Emanuel zaledwie 9, kiedy rodzina Bachów przeprowadziła się do Lipska. Obaj chłopcy wyrośli na sławnych kompozytorów, tak samo jak najmłodszy Johann Christian, który ostatecznie osiadł w Londynie.
Tworzenie muzyki
Anna Magdalena, druga żona Bacha, była zawodową śpiewaczką, jednak będąc w Lipsku, wykorzystała swój talent, aby umuzykalnić swą rodzinę. Specjalnie dla niej Bach przygotował Clavier-Büchlein, zbiór utworów i piosenek, skomponowanych przez niego oraz innych kompozytorów.
Dodatkowo, aby zwiększyć swój dochód, poza szkolnymi obowiązkami, Bach tworzył liczne kompozycje i kantaty z okazji ślubów i pogrzebów.
Ku karierze
Dodatkowa praca dostarczała wielu zawodowych wyzwania, a też satysfakcji – jako najsłynniejszy organista w Niemczech, był często zapraszany w celu testowania nowych organ w innych miastach. Podróże sprawiały mu wielką przyjemność.
Pomimo, że Lipsko było dobrze prosperującym miastem, Bach czasami przedstawiał je niekorzystnie porównując z bardziej wyrafinowanym Dreznem. Mając nadzieje na otrzymanie stanowiska w Dreźnie, w 1733 roku wysłał do nowego Elektora Augusta 2 pierwsze części Mszy B-moll (Kyrie and Gloria). Nic nie wyszło niestety z jego zamiaru przenosin do Drezna, ale otrzymał honorowy tytuł nadwornego kompozytora.
Problemy zdrowotne
W ciągu ostatnich 10 lat swojego życia Bach był bardzo płodny w swej twórczości, jak nigdy wcześniej. Nie zrezygnował z pracy przy organach, wykonywał utwory innych kompozytorów i tworzył swoją własną muzykę.
Wiele podróżował, w 1747 roku, odwiedził swego syna Carla Philippa Emanuela w Poczdamie. Był mile widzianym gościem u Fryderyka Wielkiego, który sam był utalentowanym flecistą. Pewnego dnia zagrał dla Bacha swoja własną kompozycję, którą później Bach dopracował i przedstawił królowi.